在系列总论中，我们提出了制造业企业在海南布局时面临的第二个核心法律问题：海关稽查如何应对？凭证体系如何建立？采购合同、加工协议、会计凭证应当包含哪些法律要素？转移定价、关联交易、成本虚增是海关重点审查什么？这些问题关系到企业能否经得起海关监管，影响政策红利的持续享受。本文将系统阐述海关稽查应对的法律策略和凭证体系建设的实务路径。

根据《中华人民共和国海关稽查条例》及海关总署公告2022年第64号、2025年第158号相关规定，海关有权对享受加工增值“零关税”政策的企业实施稽查。需要特别说明的是，根据海关总署公告2025年第158号，海南自由贸易港加工增值免关税政策的增值门槛为30%（2025年4月1日前已备案且一次性全部使用完毕的老项目可继续适用原政策）。稽查内容包括加工增值比例计算的真实性和准确性、进口料件价格的公允性、单耗数量的合理性、成本归集的准确性等。对于在海南享受关税减免政策的制造业企业，海关稽查的重点是30%增值比例的真实性和凭证体系的完整性。这意味着企业在日常运营中建立的每一份合同、每一张凭证，都可能成为海关审查的对象。建立系统的凭证体系，不仅是合规的要求，更是企业享受政策红利的法律保障。

海关稽查与税务稽查、审计检查虽然都属于监管手段，但其法律性质和审查重点存在差异。海关稽查的重点是货物进出口环节的合规性，包括归类、估价、原产地、加工增值等海关监管要素。税务稽查的重点是企业纳税申报的真实性，包括收入确认、成本扣除、税收优惠等税务要素。审计检查的重点是财务报表的真实性和会计处理的合规性。虽然这些监管手段的重点不同，但它们都依赖于企业建立的凭证体系。一套完整、准确、一致的凭证体系，是企业应对各类监管检查的基础。特别是在海南享受加工增值政策的企业，需要建立能够同时满足海关、税务、审计要求的三维凭证体系。

根据《海关稽查条例》和海关总署相关规定，海关稽查分为常规稽查和专项稽查两类。常规稽查是海关按照一定比例随机抽取企业进行的例行检查，检查周期通常为每年一次或两年一次。专项稽查是海关针对特定问题或特定行业开展的集中检查，通常由海关总署或直属海关统一部署。对于享受海南加工增值关税减免政策的企业，海关通常会将其纳入重点监管范围，常规稽查的频率可能高于一般企业。根据海关监管实践，新申请享受政策的企业，在首次申报后的6个月内被抽查的概率较高，企业应当做好充分准备。

海关稽查的程序包括稽查通知、实施稽查、稽查结论、行政处理等环节。稽查通知是海关启动稽查程序的法律文书，根据《中华人民共和国海关稽查条例》第十条，应当在稽查实施3日前送达企业。稽查通知应当载明稽查对象、稽查范围、稽查内容、稽查时间、需要准备的资料清单等要素。企业收到稽查通知后，应当立即启动应对程序，按照要求准备相关资料。需要特别注意的是，海关要求提供的资料必须是电子化的，企业应当提前建立电子凭证归档系统，使用"批次号+供应商发票号+报关单号"三维索引，确保能在合理时间内快速定位任一批次的任一凭证。若无法在合理时间内快速提取，可能被视为缺乏实质性管理能力，增加稽查风险。

实施稽查阶段，海关稽查人员会进入企业现场，查阅账簿资料、询问企业人员、实地查看生产设施、抽查物料库存等。根据《行政处罚法》第四十二条及《海关稽查条例》第十一条，执法人员不得少于两人。若发现稽查人员少于两人，企业可当场提出异议并制作笔录，事后向海关纪检监察或法规部门投诉，但不宜当场拒绝配合，以免被认定为"拒不接受稽查"而受处罚。 海关稽查人员通常会重点关注以下问题：第一，加工增值比例的计算是否准确。海关会复核企业的计算公式，确认分母是否使用货物内销价格、内销价格是否包含到内地的运保费、进口料件价格是否与报关单一一对应、净耗数量是否经过预裁定。第二，成本归集是否合理。海关会审查直接人工成本的归集范围、设备折旧的分摊方法（专用设备是否有月度机时日志证明100%用于政策货物、多功能设备是否按实际机时分摊）、研发费用是否建立了批次号—测试报告编号—工艺卡版本号三维对应、质量检测费用是否与该批货物直接相关。第三，关联交易定价是否公允。海关会将关联交易价格与市场可比价格进行比较，审查转让定价同期资料的完整性和合理性。第四，物料管理是否规范。海关会抽查物料台账，核对净耗、工艺损耗率、残次品率三栏数据与实际使用情况是否一致。

稽查结论是海关对稽查结果的法律认定。如果海关认为企业存在违规行为，会出具《海关稽查结论通知书》，载明违规事实、法律依据、处理决定等内容。常见的违规情形包括：增值比例计算错误（如分母使用进口料件成本而非货物内销价格、内销价格未包含运保费、进口料件价格跨合同加权平均）、成本归集错误（如将境内采购零部件的采购价格直接计入加工增值、专用设备折旧全额计入但无机时日志证明、研发费用无三维对应关系、质量检测费用为通用性认证）、关联交易定价不公允（如加工费用明显偏离市场价格、无转让定价同期资料）、物料管理不规范（如净耗数量未经预裁定、工艺损耗率和残次品率未备案、实际损耗与备案数据严重偏离）等。根据《海关稽查条例》第二十二条，海关在作出稽查结论前，应就稽查报告认定的事实征求企业意见，企业可自收到相关材料之日起7日内提交书面意见。海关应当对企业的陈述申辩进行复核，如果认为企业的陈述申辩有理由，可以修改稽查结论；如果认为企业的陈述申辩无理由，可以维持原结论。

行政处理阶段，海关会根据稽查结论对企业作出行政处罚决定。根据《海关行政处罚实施条例》第十五条相关规定，企业因增值计算错误、凭证不完整等原因造成漏缴税款的，海关除追补税款、加征滞纳金外，还可处以漏缴税款30%以上2倍以下的罚款；未造成漏缴税款但影响海关统计准确性或监管秩序的，可以根据第十五条第一项或第二项处以1万元至3万元罚款或警告。 如果企业存在虚报单耗、伪造凭证等故意违规行为，可能构成走私，面临1至5倍罚款甚至刑事责任。根据2024年1月1日起施行的《中华人民共和国行政复议法》第二十条，企业如果对行政处罚决定不服，可以自知道该具体行政行为之日起60日内向上一级海关或同级人民政府提出行政复议申请（一般以处罚决定书送达之日起算），或者依法提起行政诉讼。根据《行政复议法》第七十条，申请行政复议或提起行政诉讼期间，处罚决定原则上不停止执行，但企业可依法向复议机关或人民法院申请停止执行。

建立系统的凭证体系，是企业应对海关稽查的基础。根据海关监管要求和企业实际运营，凭证体系可以分为三个层次：合同文件层、执行文件层、管理文件层。三个层次的文件相互印证、逻辑一致，形成完整的证据链。企业应当建立电子化凭证管理系统，对所有凭证进行扫描存档，使用统一的命名规则和索引系统。

合同文件层是凭证体系的第一层次，确立交易的法律框架。合同文件包括采购合同、销售合同、加工协议、技术服务合同等。采购合同应当明确商品名称、规格型号、HS税则号列、数量、单价、总价、交货时间、交货地点、交货方式（FOB/CIF/CFR等）、付款方式、质量标准、检验标准、违约责任等要素。这些要素是海关审查货物真实性和价格公允性的依据。特别需要注意的是，商品名称和规格型号应当与海关商品归类一致，HS税则号列应当明确标注，避免因描述不一致而引发归类争议。单价和总价应当与海关电子报关单上的申报价格完全一致，不能有任何差异。交货方式应当明确是FOB、CIF还是CFR，不同的交货方式影响进口料件完税价格的计算。付款方式应当明确是预付、货到付款还是赊销，不同的付款方式影响海关对价格公允性的判断。

销售合同应当明确买方信息、商品信息、价格条款、交货条款、付款条款等要素。买方信息包括买方名称、统一社会信用代码、地址、联系方式等，海关可能通过买方信息核实交易真实性。商品信息应当与生产记录、出口报关单一致，包括商品名称、规格型号、HS税则号列、数量等。价格条款应当明确是FOB海南价格还是含运保费的价格。根据海关总署公告2022年第64号第三条，货物内销价格不包括进口环节增值税、消费税，但包括货物从海南到境内区外的运输费、保险费。企业应当确保申报价格的组成部分与政策要求的计算口径保持一致。企业应当在销售合同中将FOB海南价格、运费、保险费分别列明，便于海关核算。如果合同只列总价，企业应当准备运费发票、保险单等补充凭证，证明各项费用的构成。交货条款应当明确交货时间、地点、运输方式等。付款条款应当明确付款时间、付款方式、付款账户等，海关可能通过银行流水核实交易真实性。

加工协议是委托加工模式下的核心法律文件。根据海关总署公告2022年第64号第四条和第七条，加工协议应当明确以下核心要素：第一，委托方和受托方的基本信息，包括名称、统一社会信用代码、地址、联系方式等。第二，加工服务的具体内容，包括工序、工艺、技术标准、质量要求等。企业应当详细列明受托方提供的每道工序，如组装、焊接、测试、校准、包装等，证明受托方提供的是实质性加工服务而非简单组装。第三，净耗、工艺损耗率、残次品率三栏物料管理指标。这是海关强制要求的备案要素，企业必须在加工协议中明确列明。净耗是指生产单位成品理论上所需的进口料件数量，如生产1台设备需要芯片0.8片、屏幕1.01片。工艺损耗率是指生产过程中因工艺要求产生的必然损耗比例，如焊接过程中的飞溅损耗率为2%。残次品率是指正常生产条件下无法避免的不良品比例，如组装过程中的不良品率为1.5%。企业应当根据生产工艺和历史数据合理确定三栏数据，并在首次申报前向主管海关申请《加工增值货物单耗预裁定》时同步备案。第四，原材料的提供方式和管理责任。企业应当明确原材料由委托方提供，受托方负责保管和使用，原材料所有权归属可以约定，但委托方应当保留对原材料规格、质量、数量的决定权和验收权。第五，加工费用的计算方法和支付方式。加工费用应当与加工工作量挂钩，按照加工进度分期支付。如果采用成本加成法，应当明确成本构成和利润率；如果采用市场价格法，应当提供可比市场价格的证明。第六，质量责任的承担。受托方应当对加工质量承担责任，包括返工、赔偿等，质量标准应当明确产品的技术指标、检测方法、不合格品的处理等。第七，余料、残次品的处理方式。企业应当明确余料如何返还、残次品如何报废，并建立相应的管理制度。

执行文件层是凭证体系的第二层次，证明交易的实际发生。执行文件包括海关电子报关单、商业发票、装箱单、提单、原产地证明、质量检测报告、银行付款凭证等。海关电子报关单是货物进出口的官方记录，载明货物的商品名称、规格型号、HS税则号列、数量、单价、原产国、运输方式等信息。报关单应当与采购合同、销售合同的内容完全一致，企业应当建立报关单与合同的对应关系表，便于海关核查。商业发票是卖方向买方提供的付款凭证，载明货物信息、价格、付款方式等。商业发票应当与报关单、合同内容一致。装箱单是货物包装的详细清单，载明每个包装的内容、重量、体积等。装箱单应当与报关单、商业发票一致，证明货物数量的准确性。

提单是承运人出具的货物收据和物权凭证，载明发货人、收货人、起运港、目的港、货物描述等信息。提单是证明货物运输的重要凭证，海关可能通过提单核实货物来源和运输路线的真实性。原产地证明是出口国官方机构签发的证明货物原产地的文件，是享受RCEP优惠关税的必要条件。企业应当要求RCEP成员国供应商提供符合RCEP附件3-B所列最低信息要求的原产地声明，并在发票或随附文件上标注经核准出口商授权编码，同时留存HS税号变换依据或区域价值增值计算底稿。如涉及中间成员方转口，可按规定出具背对背声明；如原声明遗失，可在12个月内向出口成员方签证机构申请补发。 质量检测报告是第三方检测机构或企业内部质检部门出具的产品质量证明，载明检测项目、检测标准、检测结果等。企业应当区分直接针对该批货物的检测（可计入加工增值）和通用性认证（不可计入加工增值），并在检测报告中明确标注批次号、检测日期、检测样品数量等信息。银行付款凭证包括银行转账记录、信用证、汇票等，证明货款支付的真实性。海关可能通过银行流水核实交易价格的真实性，企业应当确保付款金额与合同金额、发票金额一致。

管理文件层是凭证体系的第三层次，反映日常运营状况。管理文件包括生产台账、物料台账、设备台账、能源台账、工时记录、质量记录等。生产台账记录每日的生产情况，包括生产批次号、生产日期、生产数量、投入原材料、产出成品、不良品数量、生产人员、使用设备、工艺卡版本号等。生产台账是证明生产活动真实性的基础文件，海关可能通过生产台账核实加工增值的真实性。企业应当建立规范的生产台账制度，使用统一的批次号编码规则（如"GX+日期+流水号"），确保每批产品都有唯一的批次号。生产台账应当与物料台账、设备台账、工时记录等其他管理文件相互印证，形成完整的生产记录链条。

物料台账记录原材料的进出库情况，包括料件名称、HS税则号列、入库时间、入库数量、来源（进口报关单号或境内采购发票号）、出库时间、出库数量、使用批次号、库存余额等。物料台账应当与采购合同、海关电子报关单、生产台账一致，形成完整的物料流转记录。企业应当建立先进先出的物料管理制度，确保每批产品使用的料件可以追溯到具体的进口报关单。同时，企业应当定期进行库存盘点，核对账面库存与实际库存是否一致，对盘盈盘亏及时调整并说明原因。海关在稽查时会重点核对物料台账中的净耗、工艺损耗、残次品数据是否与备案的三栏数据一致，如果实际损耗明显高于备案数据，海关会要求企业说明原因，必要时会调整单耗预裁定结果。

设备台账记录设备的基本信息和使用情况，包括设备名称、型号、编号、原值、购置时间、折旧年限、折旧方法、月度折旧额、使用部门、用途（专用于政策货物或多功能）、月度机时日志等。设备台账是计算设备折旧费用的依据，海关可能审查设备是否专用于加工增值货物、折旧费用是否合理分摊。对于专用设备，企业必须保留月度机时日志，证明设备100%机时用于政策货物；对于多功能设备，企业必须保留详细的机时分配记录，按照实际机时比例分摊折旧。机时日志应当记录每天每台设备的开机时间、关机时间、加工产品批次号、产出数量等，最好通过MES或ERP系统自动记录，避免人工填写带来的争议。

能源台账记录水电气的消耗情况，包括消耗时间、消耗数量、消耗部门、分摊到的产品批次号、费用金额等。能源台账应当通过分表计量系统获取，确保数据准确性。企业应当为不同产品线安装独立的水表、电表、气表，分别记录消耗数据。如果多条产品线共用能源设施，应当按照合理比例分摊，分摊比例应当有明确的计算依据（如按照产量比例、机时比例等）。工时记录记录员工的工作时间和工作内容，包括员工姓名、工号、工作日期、工作时间、工作岗位、生产批次号、工作内容等。工时记录是计算人工成本的依据，也是证明员工从事实质性生产活动的证明。企业应当建立考勤打卡系统，自动记录员工的上下班时间，同时建立工序报工系统，记录员工在每个批次产品上的工作时间。

质量记录包括质量检验记录、不良品分析报告、返工记录、质量改进措施等，证明企业建立了完整的质量控制体系。质量检验记录应当记录每批产品的检验项目、检验标准、检验结果、检验人员、检验时间等。不良品分析报告应当记录不良品的数量、不良原因、改进措施等。这些质量记录既是证明产品质量的凭证，也是证明残次品率合理性的依据。海关在稽查时会核对质量记录中的残次品数量是否与物料台账中的残次品数据一致，是否与备案的残次品率相符。根据《会计档案管理办法》（财政部、国家档案局令第79号），原始凭证、记账凭证的保管期限为30年；企业处于海关监管期或享受税收优惠的，建议延续保存至监管结束后3年。企业应当建立电子凭证管理系统，参考《电子凭证会计档案管理规范（试行）》（财会〔2023〕7号相关附件）的要求，原生电子发票同时满足电子签章、区块链或电子档案系统存储的条件，且必须通过真实性、完整性、可用性、安全性四项检测并完成电子档案移交程序后，方可仅保存电子档案。 如未通过档案馆或具备资质的电子档案系统完成"四性检测"并形成电子档案移交记录，事后仍可能被认定为未满足"仅保存电子"条件，需补交纸质资料。

关联交易是海关稽查的重点领域。根据《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》（海关总署令第213号），关联关系包括股权关联、管理关联、经营关联等多种情形。如果进出口货物的买卖双方存在关联关系，或者委托加工的委托方与受托方存在关联关系，海关会重点审查交易价格是否受到关联关系的影响，是否符合独立交易原则。对于在海南享受关税减免政策的制造业企业，如果与境内外关联企业进行原材料采购、产品销售或委托加工，需要特别注意关联交易的合规性。

关联交易定价的法律标准是独立交易原则。独立交易原则是指关联企业之间的交易价格应当与独立企业之间可比交易的价格一致。如果关联交易价格明显偏离市场价格，海关有权按照市场价格进行调整。根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例、《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发〔2009〕2号）、《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号）、《国家税务总局关于完善特别纳税调查调整及相互协商程序管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2017年第6号），市场价格的确定通常采用可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法、利润分割法等方法。企业应当根据交易性质和可获得的市场数据，选择最合适的定价方法。

可比非受控价格法是最直接的定价方法，适用于存在可比的独立企业之间交易的情况。企业应当收集同行业独立企业之间相同或类似货物的交易价格，作为关联交易价格的参考。可比交易的选择应当考虑产品特征（功能、规格、质量等）、交易条件（交易数量、交付时间、付款方式等）、市场环境（供求关系、竞争程度等）等因素。如果企业能够提供三家以上独立企业的可比交易价格，且关联交易价格在可比价格区间内，海关通常会认可价格的公允性。

成本加成法适用于委托加工等提供劳务或服务的情况。成本加成法是在受托方的加工成本基础上加上合理利润，作为加工费用。加工成本应当包括直接人工成本、制造费用等，合理利润率应当参考同行业独立企业的利润率。根据海关监管实践，对于海南关区电子制造加工业务，2022至2024年度净利润率四分位区间为3.2%至7.6%（系根据部分上市电子代工企业公开年报及Wind数据测算，仅供参考，企业应自行收集可比公司数据并留底稿）。 企业应当在这个区间内确定利润率，如果超过7.6%，需要提供特殊因素证明；如果低于3.2%，需要说明合理理由。

企业应当建立转让定价同期资料，说明关联交易定价的合理性。根据《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号），转让定价同期资料分为主体文档、本地文档和特殊事项文档三类。主体文档说明企业集团的整体情况，包括组织结构、业务描述、无形资产、关联交易政策等。本地文档说明企业本身的情况，包括企业概况、关联交易情况、可比性分析、转让定价方法选择、计算过程等。特殊事项文档说明成本分摊协议、预约定价安排等特殊交易。对于海南加工增值业务，企业的本地文档应当重点说明以下内容：

第一，企业组织结构和关联关系。企业应当提供组织架构图，列明与哪些企业存在关联关系、关联关系的类型（股权关联、管理关联、经营关联等）、关联关系形成的时间等。对于股权关联，应当说明股权比例、实际控制人等；对于管理关联，应当说明是否有共同的董事、高管等；对于经营关联，应当说明是否存在业务依赖、技术依赖等。第二，关联交易情况。企业应当列明每笔关联交易的交易对象、交易内容、交易金额、交易时间、定价方法等。对于进口料件采购，应当说明料件名称、规格、数量、单价、供应商名称、供应商所在国、进口报关单号等。对于委托加工，应当说明加工内容、加工费用、受托方名称、加工协议编号等。对于产品销售，应当说明产品名称、规格、数量、单价、买方名称、销售合同编号等。

第三，可比性分析。企业应当选择独立企业之间的可比交易，通过对比分析证明关联交易价格的公允性。可比交易的选择应当遵循可比性原则，包括产品可比性、功能风险可比性、合同条款可比性、经济环境可比性、经营策略可比性等。企业应当说明可比交易的来源（如公开市场数据、行业报告、同行业企业公开信息等）、可比交易的筛选标准、可比性调整的方法等。如果无法找到完全可比的交易，企业应当说明差异因素，并进行可比性调整。第四，转让定价方法选择和计算过程。企业应当说明选择哪种转让定价方法、为什么选择该方法、该方法的适用条件、具体计算过程等。对于成本加成法，应当详细列明成本构成（直接人工成本、制造费用明细）、利润率确定依据（行业四分位区间、可比企业利润率等）、加工费用计算结果等。企业应当提供详细的计算底稿，包括Excel表格、计算公式、数据来源等，便于海关核查。

从法律风险防范角度看，企业应当在关联交易发生前建立转让定价政策，在关联交易发生时留存完整凭证，在关联交易发生后定期评估和调整。转让定价政策应当明确关联交易的定价原则、定价方法、定价流程、审批权限等，确保关联交易定价的规范性。完整凭证包括关联交易合同、执行凭证、管理记录等，形成完整的证据链。定期评估应当每年至少一次，检查关联交易价格是否仍然符合市场价格，如果市场价格发生变化，应当及时调整关联交易价格。企业还应当关注海关和税务机关联合监管的趋势，海关对进口料件价格的调整可能触发税务机关对转让定价的审查，企业应当确保海关价格认定与税务转让定价政策的一致性。

海关稽查是企业无法避免的监管程序。建立稽查应对机制，是企业合规管理的重要组成部分。稽查应对机制包括日常准备、现场应对、事后救济等环节。企业应当将稽查应对作为常态化工作，而不是临时应付，通过日常准备提高应对能力，通过现场应对减少违规发现，通过事后救济维护合法权益。

日常准备是稽查应对的基础。企业应当建立凭证管理制度，明确各类凭证的归集、保管、查阅等要求。凭证归集应当及时、完整、准确。每笔业务发生后，应当及时归集相关凭证，包括合同、发票、报关单、付款凭证、生产记录、质量记录等，避免事后补充。企业应当建立业务流程与凭证对应表，明确每个业务环节需要归集哪些凭证、由哪个部门负责、归集时限是多久。凭证保管应当安全、有序、便于查找。企业应当建立电子凭证管理系统，对所有纸质凭证进行扫描存档，使用"批次号+供应商发票号+报关单号"三维索引命名，便于快速定位。电子凭证应当存储在企业服务器上，并定期备份到云端，避免因硬件故障导致凭证丢失。凭证查阅应当建立权限管理，只有授权人员才能查阅凭证，查阅记录应当留痕，避免凭证泄露或丢失。

企业应当定期进行内部自查，模拟海关稽查程序，检查凭证体系的完整性和一致性。内部自查应当覆盖所有可能被海关审查的环节，包括加工增值比例计算、成本归集、关联交易定价、物料管理等。内部自查应当由独立于业务部门的合规部门或聘请外部专业机构进行，确保自查的客观性。自查人员应当熟悉海关监管要求，能够站在海关视角发现问题。内部自查的频率建议每季度一次，重点检查当季申报的批次是否存在问题。内部自查发现的问题应当及时整改，完善凭证体系，避免在正式稽查中出现同样问题。常见的问题包括：增值比例计算公式错误（分母使用错误、内销价格未包含运保费）、成本归集错误（境内采购零部件价格直接计入增值、设备折旧无机时日志、研发费用无三维对应）、关联交易定价缺乏依据（无转让定价同期资料、价格明显偏离市场）、物料管理混乱（净耗未经预裁定、损耗率未备案、账实不符）等。

现场应对是稽查过程中的关键环节。企业收到海关稽查通知后，应当立即启动应对程序。首先，企业应当成立稽查应对小组，由企业负责人担任组长，财务、关务、生产、法务等部门负责人担任成员。稽查应对小组负责统筹协调稽查应对工作，包括资料准备、人员安排、现场接待、问题解答等。其次，企业应当按照稽查通知要求准备相关资料。资料准备应当全面、准确、有序。全面是指覆盖稽查范围内的所有批次，不遗漏任何一笔交易。企业应当根据稽查通知载明的稽查期间（如2024年1月至2024年12月），筛选出该期间内所有享受加工增值政策的批次，逐批准备凭证。准确是指提供的资料应当真实反映业务实际情况，不虚报、不隐瞒。有序是指按照批次号、时间顺序等维度对资料进行整理，便于稽查人员查阅。企业应当准备电子版和纸质版两套资料，电子版应当按照"批次号"建立文件夹，每个文件夹内包含该批次的所有凭证；纸质版应当按照批次号装订成册，并附目录索引。

海关稽查人员进入企业现场后，企业应当积极配合稽查工作，同时注意维护企业合法权益。积极配合包括按照要求提供资料、安排人员接受询问、配合现场查看等。企业应当指定专人负责与稽查人员沟通，统一口径，避免不同人员回答不一致引发质疑。对于稽查人员的询问，回答应当准确、简洁，不要主动提供超出询问范围的信息。如果稽查人员询问的问题涉及专业技术或财务核算，企业可以安排相关专业人员回答，但应当提前进行培训，确保回答符合海关监管要求。维护权益包括对稽查人员的不当要求提出异议、对超出稽查范围的要求拒绝配合等。如果稽查人员要求企业提供与稽查无关的商业秘密，企业有权拒绝。

事后救济是企业在收到海关稽查结论后的法律权利。如果企业对稽查结论有异议，应当在规定期限内向海关提出书面陈述申辩。书面陈述申辩应当针对稽查结论中的具体问题，提供相反证据或法律依据，说明企业的行为符合法律规定。书面陈述申辩应当逻辑清晰、证据充分、依据明确。例如，如果海关认为企业的增值比例计算错误（如认为分母应当使用进口料件成本而非货物内销价格），企业应当在书面陈述申辩中明确引用海关总署公告2022年第64号第三条的法定公式，说明企业的计算方法符合规定，并提供详细的计算底稿。如果海关认为企业的关联交易价格不公允，企业应当提供转让定价同期资料、市场价格调查报告等证据，证明价格的合理性。如果海关认为企业的成本归集不准确，企业应当提供详细的成本核算资料、会计凭证等证据，证明归集的准确性。

如果海关维持原稽查结论并作出行政处罚决定，企业可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。行政复议是向上一级海关或同级人民政府申请重新审查行政处罚决定。行政复议的优势是程序简便、成本较低、专业性强。企业应当在规定期限内提出行政复议申请，复议机关应当在收到申请之日起60日内作出复议决定。行政诉讼是向人民法院提起诉讼，要求撤销或变更行政处罚决定。行政诉讼的优势是独立性强、公开透明、具有终局效力。企业应当在收到处罚决定之日起六个月内提起行政诉讼。

某电子制造企业在海南设立生产基地，从事智能设备的组装和测试。企业从境外进口零部件，在海南完成组装后部分销往内地、部分出口海外。企业申报享受加工增值关税减免政策，申报的增值比例为36%。海关对该企业实施专项稽查，重点审查增值计算的准确性、成本归集的合理性和关联交易的公允性。

海关在稽查中发现以下问题：第一，企业的增值比例计算公式存在错误。企业在Excel核算模板中将分母设置为"进口料件成本"，虽然最终计算结果与正确公式相同，但公式本身不符合海关总署公告2022年第64号第三条的法定公式。海关认为企业对公式理解不准确，存在合规风险。第二，企业申报的货物内销价格为90美元，但未包含从海南到内地的运费2美元和保险费1美元。根据海关总署公告2022年第64号第三条，货物内销价格应当包括运保费。海关将内销价格调增至93美元，增值比例从36%降至33%，虽然仍然超过20%门槛，但企业的申报存在瑕疵。第三，企业计入增值的研发支出中包含了针对未来产品的基础研究费用，这部分费用与当期加工增值货物无直接关系，且企业未能提供研发费用与具体批次产品的三维对应关系（批次号—测试报告编号—工艺卡版本号）。第四，企业申报的专用设备折旧费用全额计入增值，但未能提供月度机时日志证明设备100%机时用于政策货物，海关要求提供证明或按实际机时分摊。基于这些问题，海关要求企业补充说明并调整申报。

企业收到海关稽查结论后，立即启动应对程序。首先，企业聘请专业律师和会计师组成应对团队，对稽查结论进行全面分析。针对公式错误问题，企业承认Excel模板设置不规范，立即修改模板，确保分母使用货物内销价格，并向海关提交了修改后的模板和重新计算的结果，证明虽然模板设置有瑕疵，但计算结果准确。针对内销价格未包含运保费的问题，企业承认申报时疏忽，提供了运费发票和保险单，证明运保费确为3美元。企业接受海关将内销价格调增至93美元的调整，重新计算的增值比例为33%，仍然符合政策要求。企业同时说明，今后将确保申报价格的组成部分与政策要求的计算口径保持一致。

针对研发支出问题，企业重新梳理了研发项目管理资料，区分了与当期产品直接相关的工艺优化支出和针对未来产品的基础研究支出。企业承认将部分基础研究支出计入了当期增值，这是会计处理错误，愿意调整增值计算。但企业同时提供了与当期产品直接相关的工艺优化支出清单，包括批次号GX240512对应的测试报告编号TEST-2024-0512、工艺卡版本号GX-240512-Rev.03的三维对应关系，证明这部分工艺优化支出确实用于改进当期产品的生产工艺，应当计入增值。企业建立了研发费用管理系统，今后所有研发项目都将建立与产品批次的对应关系，确保只有直接相关的费用计入增值。

针对设备折旧问题，企业提供了月度机时日志，证明专用设备确实100%机时用于政策货物。机时日志来自企业MES系统，记录了每天每台设备的开机时间、关机时间、加工产品批次号、产出数量等。海关审查机时日志后，认可企业专用设备折旧全额计入的合理性。企业同时说明，今后将定期导出MES系统机时数据，建立机时台账，便于海关核查。

企业向海关提交了详细的书面陈述申辩和补充证据。海关对企业的陈述申辩进行了复核，认为企业提供的补充证据具有合理性，公式虽有瑕疵但结果准确，内销价格调整后增值比例仍达标，研发支出调整后归集合理，设备折旧有机时日志支持。最终，海关修改了稽查结论，认定企业调整后的增值比例为33%，符合享受关税减免政策的条件，不需要补缴关税。但根据《海关行政处罚实施条例》第十五条第一项或第二项，海关对企业申报不规范的行为提出警告，要求企业在三个月内完成以下整改：第一，修改Excel核算模板，确保公式规范；第二，完善销售合同条款，确保申报价格组成部分一致；第三，建立研发费用管理系统，实现批次号—测试报告编号—工艺卡版本号三维对应；第四，定期导出机时日志，建立机时台账。企业应当向海关报告整改情况。

该案例体现了海关稽查应对的关键要点。第一，企业应当建立规范的核算模板，确保计算公式符合海关规定。虽然本案中企业的计算结果准确，但公式瑕疵仍然引发了海关质疑，增加了合规风险。第二，企业应当全面理解政策规定，货物内销价格必须包含到内地的运保费，这是法定要求。第三，研发费用的计入必须建立批次号—测试报告编号—工艺卡版本号三维对应关系，不能仅凭会计科目归集。第四，专用设备折旧全额计入必须有月度机时日志证明，不能仅凭设备用途声明。第五，企业面对稽查应当积极配合、主动整改，及时补充证据，争取海关理解和支持。

海关稽查是制造业企业在海南享受关税减免政策过程中无法避免的监管程序。建立系统的凭证体系，是企业应对海关稽查的基础。凭证体系包括三个层次：合同文件层确立交易法律框架，执行文件层证明交易实际发生，管理文件层反映日常运营状况。三个层次的文件相互印证、逻辑一致，形成完整的证据链。企业应当建立电子化凭证管理系统，使用"批次号+供应商发票号+报关单号"三维索引，确保能在合理时间内快速定位任一凭证。

关联交易是海关稽查的重点领域。企业应当根据《中华人民共和国企业所得税法》及相关规定建立转让定价政策，选择合适的定价方法（优先采用可比非受控价格法，无法取得可比价格时可采用成本加成法），建立转让定价同期资料（根据国家税务总局公告2016年第42号，包括主体文档、本地文档、特殊事项文档），说明关联交易定价的合理性。从法律风险防范角度看，企业应当在关联交易发生前建立定价政策，在交易发生时留存完整凭证，在交易发生后定期评估和调整。

稽查应对机制包括日常准备、现场应对、事后救济等环节。日常准备是基础，企业应当建立凭证管理制度，定期进行内部自查，完善凭证体系。重点关注：增值比例计算公式是否规范（分母使用货物内销价格）、货物内销价格组成部分是否一致、研发费用是否建立三维对应关系、专用设备折旧是否有机时日志证明。现场应对是关键，企业应当积极配合稽查工作，同时注意维护企业合法权益。事后救济是保障，企业如果对稽查结论有异议，可以在收到稽查结论通知书之日起5日内提出书面陈述申辩，如果对行政处罚决定不服，可以自知道该具体行政行为之日起60日内申请行政复议或依法提起行政诉讼。

从法律服务的角度，广和律师事务所在海关合规、转让定价、行政救济等领域积累了丰富的实践经验。我们能够为制造业企业提供从凭证体系建设（三层次设计、电子化管理、索引系统建立）、转让定价同期资料准备（定价方法选择、可比性分析、计算底稿）到海关稽查应对（内部自查、现场应对、书面陈述申辩、行政复议）的全流程法律服务。在下一篇文章中，我们将深入探讨多功能自由贸易账户（EF账户）在设备进口中的应用，帮助企业优化跨境资金流动的合规路径。